Redondo y delgado, con un cuerpo que mide entre 2.75 y 4 pulgadas de largo, nariz puntiaguda y grande y ojos pequeños, negros y brillantes. Sus orejas son grandes, con poco pelo. Su cuerpo es bicolor: el bajo vientre y la parte superior de color marrón-rojizo y las patas blancas. La cola, corta, también es bicolor: oscura en la parte superior y más clara en la parte inferior, está cubierta con pelos cortos y finos y puede medir entre dos y cinco pulgadas de largo.
El ratón ciervo nace ciego, de color rosado y sin vellos. Puede pesar entre uno y tres gramos y empieza a cambiar de color a partir de las primeras 24 horas. Al tercer día de su nacimiento sus orejas se desdoblan. Sus ojos se abren a las dos semanas y los jóvenes se alimentan exclusivamente de leche materna por cuatro semanas.
El pelaje nuevo exhibe un poco de coloración azul, el cual se oscurece a medida que crece y desaparece completamente cuando el ratón ciervo está listo para reproducirse.
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